В 2006 году он окончил Казанский медицинский университет, получив квалификацию врача-стоматолога. Четыре года спустя Сибгатов завершил обучение в Академии государственного и муниципального управления при Президенте Республики Татарстан, где ему была присвоена квалификация менеджера по специальности «государственное и муниципальное управление».

Ранее Ильнур Сибгатов работал врачом-интерном в стоматологической поликлинике № 1 в Челнах, а затем занимал должности врача-стоматолога и терапевта в том же учреждении. Кроме того, он возглавлял отделение платных услуг в стоматологической поликлинике № 2.

С 2008 года Сибгатов занимал пост начальника отдела развития медицинской помощи и кадровой политики в управлении здравоохранения Челнов.